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韩琦的研究方向包括：中国科学史（数学史、天文学史；印刷史；民国地质学史）、中外关系史（明清中外科技、文化关系史）、明清史（明清科学文化史）、明清天主教史、海洋史与全球史。

“我过去三十多年的研究，都是在做好一步步的学术积累。”韩琦曾在世界各地大量阅读尘封的手稿与信件，很多时候只能动手一页页抄录。“就像我们面对的浩瀚宇宙一样，总有解不开的谜题需要我们去探索，追求历史的真相，我们必须抱有浓厚的兴趣和好奇心。”他说。如山的档案在时间长河中默默无言，即便有人拂去上面厚厚的尘埃，有时也未必能道出历史的奥秘。

韩琦早年曾在中国社会科学院工作，后进入中国科学院自然科学史研究所任职，曾任该所副所长、学术委员会副主任、中国近现代与世界科学史研究室主任，并享受国务院特殊津贴。韩琦于2019年5月出任中国科学院大学人文学院科学技术史系二级教授，2021年1月加盟浙江大学历史学院担任二级教授（文科领军人才）。

九龙体育平台近日，澎湃新闻记者查询发现，香港理工大学人文学院中国历史及文化学系官网“常任教学人员”栏目更新信息显示，知名科学史学者韩琦，已经加盟香港理工大学担任教授。

微信公众号“浙江大学”2021年曾刊文《研究“冷门绝学”，这位浙大教授“考古”朋友圈！》介绍：韩琦教授长期致力于科学史的研究，徜徉在历史的时空，让他从欧洲学者的研究中读到了中西文明交流互鉴的深层要义。今年他主持的项目《欧洲学者对中国历史纪年和古代天象记录的研究及其影响》，入选国家社科基金冷门绝学研究专项立项。

韩琦专攻科学史，这是较为特殊的史学分支，要求有一定的自然科学素养，对文史也要有系统全面的了解。科学史本身的特点，韩琦认为，就在于文理交叉。“要对一个问题深刻剖析，你首先要看得懂历史叙述中的科学原理和逻辑思维。”