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台媒梅花新闻网的评论文章认为，《意见》警示意味浓。文章具体指，检视一段时间以来民进党当局的言行，既未对大陆释放善意，也无意降低两岸紧张情势，其念兹在兹的是推销“新两国论”。若民进党仍轻忽怠慢大陆加强威慑“台独”言行的力道，形同走在危险钢索上，将两岸紧张关系推到临界点。

海峡两岸经贸文化交流协会秘书长邓岱贤对中新社记者表示，此次的新文件同2005年通过的《反分裂国家法》及刑法、刑事诉讼法等法律、相关司法解释一道，构筑大陆通过司法途径打击、惩治“台独”的网络。主张“台独”的人必须思考从事“台独”分裂活动的后果。

淡江大学两岸关系研究中心主任张五岳接受联合新闻网采访时分析，大陆方面发布司法文件依法惩“独”，该举措旨在达到威吓“台独”的效果，也凸显大陆遏制“台独”的工具可因应各种谋“独”行径。

至于该《意见》的出台、实施是否会影响岛内民众对于两岸交流的意愿，邓岱贤认为，两岸关系和平稳定、繁荣发展，人民生活安居乐业，是绝大多数台湾人的心愿。文件从标题到正文都指明，其针对的是少数人的涉“独”恶劣言行。21日举行的有关发布会也说明，大陆还将一以贯之支持两岸民间往来，造福台湾同胞。

据中时新闻网等台媒报道，马英九基金会执行长萧旭岑22日受访呼吁民进党当局改变“台独”路线，以两岸和平、台湾百姓安全为念，回归一中原则，重建两岸互信。两岸关系紧张态势日趋升高，赖清德主张的“台独”路线无助于解决台湾问题。

青岛半岛网官网台湾法学学者、《观察》杂志发行人纪欣22日接受中新社采访时指出，《意见》对分裂国家与煽动分裂国家的犯罪行为及其应负刑责，规定得相当清楚详尽，希望能对“台独”分裂分子产生警告作用。《意见》依法有据，考虑周详全面，其中对“缺席审判”的规定特具意义。