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2024年4月至6月，自然资源部南海生态中心联合自然资源部南海发展研究院等单位，对仁爱礁珊瑚礁生态系统状况进行了调查评估。自然资源部南海生态中心主任李团结表示，调查发现，仁爱礁礁坪和潟湖坡区域造礁石珊瑚覆盖面积大幅下降，非法“坐滩”军舰周边降幅尤为明显；非法“坐滩”军舰附近存在大量珊瑚礁碎块和死亡的珊瑚；潟湖坡处的造礁石珊瑚种类数和覆盖率明显低于向海坡一侧；礁区的大型底栖无脊椎动物种群结构出现失衡，非法“坐滩”军舰周边尤为严重；礁区海水中重金属、油类、活性磷酸盐含量明显高于历史记录；在礁区散布有渔网等各类人为弃置物。

星空云客户端7月8日，由自然资源部南海生态中心和自然资源部南海发展研究院共同编制的《仁爱礁非法“坐滩”军舰破坏珊瑚礁生态系统调查报告》(以下简称《报告》)发布。《报告》显示，菲律宾军舰长期在中国南沙群岛的仁爱礁非法“坐滩”，已经严重损害仁爱礁珊瑚礁生态系统的多样性、稳定性和持续性。

李团结指出，导致仁爱礁珊瑚礁生态系统遭到破坏的主要因素是菲律宾军舰非法“坐滩”及其相关联的人类活动。菲律宾应将非法“坐滩”军舰清走，消除污染源，避免继续对仁爱礁珊瑚礁生态系统造成持续性和累积性危害。